Bahnfahren auf der Strecke des Filzenexpress gestaltet sich für manche Pendler derzeit als Lotteriespiel. Grund dafür, dass auf der Strecke Wasserburg – München nur wenige beziehungsweise keine Züge fahren, ist ein sogenannter Gleislagefehler. Dieser Fehler zwischen Grafing Stadt und Grafing Bahnhof soll derzeit eigentlich behoben werden. Normalerweise können die Züge die betroffene Passage zwischen Grafing Stadt und Grafing Bahnhof während der Bauarbeiten sehr langsam passieren. Derzeit ruhen die Arbeiten aber. Sie können erst wieder aufgenommen werden, wenn die Gleise etwas abgekühlt sind, so ein Sprecher der Bahn. Die Gleise sind auf Temperaturen zwischen -20 und +60 Grad ausgelegt. Aufgrund der enormen Hitze aktuell sind die Gleise aber deutlich heißer. Weil die Bauarbeiten ruhen, können die Züge und S-Bahnen auf dieser Strecke statt wie üblich zweigleisig derzeit nur eingleisig fahren. Der Filzenexpress, der von Wasserburg nach München durchfährt, bekommt automatisch Vorfahrt. Abgesehen davon bekommt der Zug Vorfahrt, der pünktlicher ist.