Die Stadt Rosenheim befürchtet mehr denn je, durch den Brennerbasistunnelzulauf vom Personenzugverkehr abgeschnitten werden zu können. Der Grund dafür sind Überlegungen, eine neue Bahnstrecke Mühldorf-Wasserburg-Rosenheim zu bauen, um den Güterverkehr über diese Linie zu führen.

Weil mit dem Brennerbasistunnel der Güterverkehr mehr werden wird und die Strecke Grafing Rosenheim dafür keine Kapazitäten hat, steht diese Variante im Raum. Sollte sie kommen, wäre auch nicht ausgeschlossen, dass der Personenverkehr auch über diese Strecke geführt werden könnte. Verwaltung und Politik befürchten nun, dass der für Rosenheim so wichtige Bahnhof dann weniger angefahren würde und die Stadt samt Bahnhof an Bedeutung verlieren würde. Allerdings sind Trassenvarianten noch in den Kinderschuhen, erst in drei Jahren, so die Schätzung, wird es ernsthafte und ernstzunehmende Trassenvorschläge geben. Für Oberbürgermeisterin Bauer genügend Zeit um, wie sie sagte, noch viele Diskussionen zu führen