Der Pelhamer See der Eggstätt-Hemhofer-Seenplatte ist zu phosphorhaltig. Laut der EU-Verordnung 2015 ist das nicht mehr zulässig. Auf ein Jahr gesehen liegt die Phosphorkonzentration im Pelhamer See bei 30 Milligramm pro Kubikmeter. Das entspricht auf einer fünfstelligen Klassifizierung einem „befriedigend“ so das OVB. Jetzt soll die Wasserqualität verbessert werden. Dazu ist ein Reduktionskonzept vorgestellt worden. So könnten zum Beispiel regelmäßig überstaute Feuchtflächen in Geländemulden angelegt werden, in denen das Regenwasser teilweise versickert. Auch Querstreifen entlang eines Baches könnten helfen, den Phosphoreintrag zu reduzieren. Grund für den hohen Nährstoffgehalt im Pelhamer See ist die intensive landwirtschaftliche Nutzung in seinem Einzugsgebiet. Besonders durch Regenwasser wird Phosphor in den See gespült. Aber auch Siloentwässerungen und Schächte in Wiesen spielen unter anderem eine Rolle.